Le terme lien a plusieurs usages: dans ce cas, nous sommes intéressés à se référer à sa signification en tant qu'union ou lien entre différents éléments. Le peptide, quant à lui, est celui lié aux peptides: les molécules qui sont formées par une union covalente d'acides aminés (substances organiques dont la composition moléculaire a un groupe carboxyle et un groupe amino).
C'est ce qu'on appelle la liaison peptidique à la liaison chimique qui s'établit entre le groupe carboxyle d'un acide aminé et le groupe amino d'un autre acide aminé. Ce type de liaison, où une molécule d'eau est perdue, permet la formation des peptides et protéines susmentionnés.
Lorsqu'un groupe amino (-NH2) et un groupe carboxyle (-COOH) se joignent à la perte d'une molécule d'eau, une liaison CO-NH est établie. Le développement de cette liaison nécessite toujours un apport d' énergie; à son tour, lorsque la liaison peptidique est rompue, de l'énergie est libérée.
La rupture d'une liaison peptidique peut se produire par hydrolyse: c'est le nom du clivage qui enregistre une molécule à travers l'eau. L'hydrolyse, dans l'environnement naturel, se produit très lentement, bien qu'il soit possible d'accélérer le processus en utilisant diverses techniques.
En présence d'eau, une liaison peptidique peut être rompue avec une quantité d'énergie libre d'environ 8-16 kilojoules / mol (ce qui équivaut à 2-4 kcal / mol). L'unité kilojoule par mole, qui peut être symbolisée par kJ / mol, est reconnue par le Système international d'unités (SI) et correspond à la relation entre l'énergie et la quantité de matière: l'énergie est exprimée en kilojoules et la matière est mesurée en grains de beauté.
Les kilojoules ne sont rien de plus que des milliers de joules , une autre unité de mesure reconnue par le Système international, dont le nom d'origine est joule et est utilisée pour mesurer la chaleur, le travail et l'énergie. En termes techniques, sa définition est "la quantité de travail qu'un newton effectue avec une force constante le long d'un mètre dans la direction de cette force". L'unité mole, en revanche, est utilisée pour mesurer la quantité d'une substance donnée et fait partie des sept grandeurs physiques fondamentales du SI.
Pour accélérer l'hydrolyse d'une liaison peptidique, qui dans la nature peut prendre plus d'un millénaire, les scientifiques peuvent choisir l'une des méthodes suivantes:
* Hydrolyse acide: elle est réalisée en laissant bouillir longtemps la protéine avec des solutions de type acide fort (H2SO4 et HCI). Cette voie permet la destruction complète du tryptophane et d'une partie de la thréonine et de la sérine;
* Hydrolyse basique: elle est généralement réalisée à l'aide de BaOH ou NaOH, et ne détruit pas les acides aminés mentionnés dans la méthode précédente;* hydrolyse enzymatique: chez les êtres vivants, cette manière de dégrader les liaisons peptidiques est la plus normale. Dans ce cas, les enzymes protéolytiques entrent en action qui agissent lentement et souvent ne terminent pas leur travail, bien que la destruction des acides aminés ou la racémisation ne se produisent pas (lorsqu'un composé optiquement actif devient racémique). Ce type d'hydrolyse est très spécifique;
* hydrolyse par température: si les conditions sont normales, les liaisons peptidiques ne sont pas détruites, mais la protéine peut être dénaturée (c'est-à-dire que ses structures secondaire, tertiaire et quaternaire sont rompues). En revanche, si une température supérieure à 110 ° est appliquée pendant 48 heures, il est possible de détruire les liaisons.
Il est à noter que, en général, la liaison peptidique est représentée sous la forme d'une simple liaison. Dans tous les cas, il présente diverses caractéristiques qui le rapprochent d'une double liaison. C'est pourquoi les spécialistes mentionnent souvent qu'une liaison peptidique a des propriétés qui la placent à mi-chemin entre une liaison simple et une double liaison.